Pada tanggal 21 Maret 1987, Yayasan Pusat Pengkajian dan Pengembangan Islam Amaliyah Indonesia mendirikan Universitas Djuanda, sebuah perguruan tinggi swasta di Bogor. Sebagai bentuk penghormatan terhadap pahlawan kemerdekaan Sunda, Ir, nama Djuanda tetap dipertahankan sebagai gelar universitas ini. H. Djoeanda Kartawidjaja, seorang tokoh pemerintahan Republik Indonesia.
Berdasarkan penilaian Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi terhadap Perguruan Tinggi Terbaik Indonesia Tahun 2020, kampus yang biasa disebut UNIDA ini menduduki peringkat ke-71. Peringkat klaster perguruan tinggi terbaik keenam dalam Penghargaan Lembaga Layanan Pendidikan Tinggi (LLDIKTI) Wilayah IV Jawa Barat-Banten merupakan prestasi penting UNIDA lainnya pada tahun 2021.
1. Jurusan Agama Islam Dan Pendidikan Guru
Fakultas Agama Islam dan Pendidikan Guru Universitas Djuanda saat ini membawahi lima program studi yaitu Perbankan Syariah, Ekonomi Syariah, Manajemen Pendidikan Islam, dan Pendidikan Guru Sekolah Dasar. Program akademik fakultas ini semuanya mendapat nilai akreditasi B.
2. Jurusan Pertanian
Agroteknologi, Agribisnis, Peternakan, dan Budidaya Perairan merupakan empat program studi yang ditawarkan oleh Fakultas Pertanian Universitas Juanda (UNIDA). Tambahan tiga program studi yang bergabung dengan Fakultas Pertanian pada tanggal 21 Februari 1990 menjadikan program studi Agribisnis sebagai salah satu jurusan tertua. Didirikan pada tahun 1987, tahun yang sama UNIDA didirikan.
3. Jurusan Pascasarjana
Sekolah Pascasarjana Universitas Djuanda didirikan pada tanggal 28 Februari 2002. Pada tahun yang sama, Pascasarjana UNIDA mendirikan program magister pertamanya yaitu Magister Hukum. Magister Administrasi Publik dan Magister Teknologi Pangan Halal adalah dua program magister tambahan yang dapat diakses pada tahun 2015.
4. Jurusan Pertanian
Agroteknologi, Agribisnis, Peternakan, dan Budidaya Perairan merupakan empat program studi yang ditawarkan oleh Fakultas Pertanian Universitas Juanda (UNIDA). Ketiga program studi Fakultas Pertanian lainnya bergabung pada tanggal 21 Februari 1990 sehingga menjadikan program studi Agribisnis sebagai salah satu jurusan tertua di Fakultas Pertanian. Didirikan pada tahun 1987, tahun yang sama UNIDA didirikan.
5. Jurusan Ilmu Sosial, Ilmu Politik, Dan Ilmu Komputer
Berdirinya Fakultas Ilmu Sosial, Ilmu Politik, dan Ilmu Komputer (FISIPKOM) bertepatan dengan berdirinya Universitas Djuanda pada tanggal 21 Maret 1987. Saat ini terdapat 3 program studi yang tersedia di FISIPKOM Universitas Djuanda, yaitu Ilmu Administrasi Publik, Ilmu Komunikasi, dan Ilmu Komputer.
6. Jurusan Ilmu Pangan Halal
Ilmu agroindustri dan makanan halal diintegrasikan ke dalam tauhid, dan UNIDA mendirikan Fakultas Ilmu Makanan Halal untuk memperkuat budaya tauhid di kampus. Fakultas ini bercita-cita menjadi pemimpin dalam ilmu agroindustri dan penelitian pangan halal yang disegani secara global. Terdapat dua program studi sarjana yang ditawarkan fakultas ini, yaitu Teknologi Industri Pertanian dan Teknologi Pangan dan Gizi.
7. Jurusan Ekonomi
Tujuan Fakultas Ekonomi UNIDA adalah untuk menawarkan pendidikan ekonomi dan bisnis yang didasarkan pada tauhid, transparansi, akuntabilitas, keadilan, dan tanggung jawab, serta teknik pengajaran dan pembelajaran mutakhir berdasarkan kurikulum terpadu. Fakultas ini menawarkan dua program gelar sarjana di bidang akuntansi dan manajemen.